La synagogue de Benfeld fait aussi figure d'exception en Alsace parce qu'elle a été relativement bien préservée, tant à l'intérieur qu'à l'extérieur, durant la Seconde Guerre mondiale. Un tir d'obus a toutefois endommagé son pignon lors de la contre-offensive allemande de janvier 1945. Elle doit d'avoir été sauvée d'une destruction certaine essentiellement à un homme, Eugène Guthapfel, à l'époque secrétaire de mairie de Benfeld et directeur de l'hôpital. Une plaque apposée à côté de la synagogue rend désormais hommage à ce « Juste». Eugène Guthapfel avait en effet courageusement tenu tête aux Allemands, en arguant du fait qu'il n'avait pas assez de place à l'hôpital et qu'il avait donc besoin de la synagogue. Dans le même temps, avec l'aide d'un fossoyeur, il a enterré les différents objets de culte, dont les rouleaux de la loi, dans un caveau situé au cimetière catholique. Et, lorsque la communauté juive de Benfeld est revenue, tout était en place.

Une plaque apposée à côté de la synagogue rend hommage au « Juste » Eugène Guthapfel, grâce à qui le bâtiment a été sauvé de la destruction lors de la Seconde Guerre mondiale.