Plus que jamais, le TGV est une question sensible et focalise facilement le débat. Une seule intervention faite à ce propos, mardi en séance plénière du conseil économique et social de la région par François Jeannin, sur les risques de « saucissonnage » du projet et le coût du schéma régional des transports collectifs a donné lieu à de longs développements de la part du président du conseil régional et du préfet de Région. Pour Jean-François Humbert, le TGV ne doit pas devenir une pomme de discorde. « Le rôle qui semble être le mien, c'est de garantir l'unité de la Franche-Comté. Je ne crois pas que j'ai été élu pour m'investir dans des querelles politiques », soutient le président du conseil régional. Puis comme pour marquer, sur ce point, sa différence, il affirme que sur cette question « les ministres francs-comtois n'ont pas la même politique (...) ni la même position à propos du phasage TGV ». Jean-François Humbert affirme, par ailleurs, avoir été interpellé par certains de ses amis, à propos de la branche sud. Ceux-ci voient en la démarche actuelle « une transformation du TGV Rhin-Rhône en TGV Est-Ouest ».

« Ce que je vais tenter de faire, c'est d'apporter des éléments de réponse aux questions légitimes que se posent les Jurassiens », précise le patron de la région qui insiste lourdement sur la branche sud et l'amélioration de la ligne Paris-Dole-Lausanne. « Ma position au dernier comité de pilotage a d'ailleurs été de parvenir à une convention dans les plus brefs délais », note-t-il. Pour ce qui est de la ligne Paris-Dole-Lausanne, les études faites par la SNCF, garantissent la desserte de Dole, le maintien et l'amélioration de la ligne Dole-Lausanne sur laquelle elle envisage l'ouverture d'arrêts supplémentaires. De son côté, le préfet semble résister à la cacophonie autour du TGV. Pour lui, « les points de vue des uns et des autres ne peuvent pas être assimilés à des décisions de principe ». Celles-ci ont été prises d'abord au niveau interministériel le 4 juillet 98 qui a décidé de poursuivre la réalisation des études de la première phase Mulhouse-Dijon. Elles sont aussi contenues dans la lettre du 26 mai 98 de Jean-Claude Gayssot qui s'articule autour de quatre points : poursuite sur la base de l'avant-projet sommaire des études devant conduire à une enquête d'utilité publique sur la branche Est dans sa totalité, étude de la réalisation financière, attachement du comité de pilotage à déterminer les conditions techniques et financières de cette réalisation. Dans les propos de Claude Guéant, le dernier point se rapporte également à la question jurassienne. « On nous a demandé d'entamer les études sur la branche sud sans plus de précision. Les hypothèses d'itinéraires ont été resserrés dans le schéma de l'ingénieur général Chaussande, le choix fait par le comité de pilotage se rapporte à deux hypothèses : les itinéraires 5 et 6 situés à l'est et l'ouest de Dole. »