La MNEF a été fondée en 1948 dans le cadre d'une refonte totale du régime de protection sociale des Français avec la création d'un régime spécial de sécurité sociale étudiante. Elle gère ce régime et parallèlement sert de mutuelle complémentaire aux étudiants : 950000 affiliés âgés de 18 à 28 ans. La MNEF, c'est donc 1,17 milliard de francs de prestations par an, quatre millions de chèques envoyés, 15000 dossiers traités par jour, 4,5 millions de dossiers par an, un flux financier de 1,466 milliard de francs. C'est aussi 150 agences et points d'accueil, 9 centres de gestion régionaux, 6 centres de santé, 42 centres de vaccination et la gestion de 14000 logements étudiants.

Elle compte 700 salariés, mais son originalité est d'être gérée par les étudiants eux-mêmes : les deux tiers de ses administrateurs sont des étudiants élus (1500 au total). Cette particularité, à laquelle la MNEF est très attachée pour raisons de « démocratie » et de « responsabilisation », est à la source cependant de maints remous. Non seulement, les administrateurs étudiants, élus sur listes syndicalo-politiques se réclamant de toutes tendances de la gauche, s'opposent souvent entre eux, mais le syndicat majoritaire chez les étudiants, l'Unef-ID, se retrouve immanquablement majoritaire à la MNEF et ses dirigeants sont pour la plupart proches du PS ou même militants socialistes. D'où des « doubles casquettes » réelles ou supposées telles.

Outre la simple gestion du régime de sécu, la MNEF a, tout au long de son existence, lancé des campagnes (combat contre la tuberculose, puis les MST et le sida, en passant par les troubles psychiques et la contraception) et des enquêtes sur la santé des étudiants. Elle leur propose également une gamme d'assurances, des bons d'achats de livres, des réductions diverses, des offres de logement, des stages et des jobs... des prestations nouvelles qui ont amené la MNEF, depuis le début des années 90, à constituer des filiales. Leur légalité est actuellement contestée - la MNEF affirme qu'il s'agit de pratiques normales pour toutes les mutuelles - et surtout leur gestion.