La Citadelle de Besançon est de loin le premier site franc-comtois en termes de fréquentation devant la Citadelle de Belfort, la chapelle de Ronchamp et la Saline Royale. Elle a enregistré 257 342 visiteurs en 2005, 222 515 en 2006 et 274 539 en 2007.
Les six premiers mois de 2008 sont moins bons, mais la hausse de 13 % enregistrée en juillet est prometteuse.
La Citadelle de Besançon abrite, outre un zoo, le musée de la Résistance, le musée comtois, le musée d’histoire naturelle et l’espace Vauban.