Les compagnies aériennes et les aéroports américains se mobilisent pour mettre en place des mesures de sécurité sans précédent. Très rapidement après les attentats le département des Transports et l'Administration de l'Aviation Civile (FAA) ont ordonné l'application d'un premier train de règles. Il s'agit de l'obligation pour les passagers de faire enregistrer leurs bagages aux comptoirs des compagnies, de l'interdiction des points d'enregistrement extérieurs aux aéroports, et de la restriction de l'accès aux aires d'embarquement, limité désormais aux seules personnes munies d'un billet. La FAA a entrepris immédiatement un contrôle très strict des véhicules garés à proximité des terminaux d'aéroport et interdit tous les couteaux et autres instruments tranchants dans les avions de ligne. Scène inhabituelle, des gardes armés avec des chiens sont postés dans les grands aéroports et l'Attorney General (ministre de la Justice) John Ashcroft a indiqué son intention de mettre dans chaque avion des agents fédéraux armés. Il s'agit surtout du corps «US Marshall», chargé de la protection des juges. Mais étant donné le nombre de vols --environ 35.000 par jour en moyenne--, ces gardiens du ciel ne seraient embarqués que sur des lignes jugées plus risquées. La FAA et les compagnies entendent également améliorer l'utilisation des machines de détection d'explosifs et d'armes. Le département des Transports a souvent déploré le fait que les aéroports sous-utilisent ces détecteurs, des machines à rayons-X d'un coût d'un million de dollars chacune. L'Air Transport Association (ATA), groupement professionnel représentant les compagnies aériennes, demande au gouvernement fédéral de prendre en charge les contrôles des passagers et des bagages. Jusqu'à présent, ce sont des personnels non qualifiés et mal payés qui sont chargés de ces contrôles.